Gmina Fabianki położona jest w województwie kujawsko-pomorskim, na prawym brzegu rzeki Wisły. Położona jest w strefie lasów mieszanych, w prowincji Niżu Środkowopolskiego w Podprowincji Pojezierzy Południowobałtyckich w makroregionie Pojezierze Dobrzyńskie. Od południa sąsiaduje z miastem powiatowym- Włocławkiem.
Od wschodu z gminami: Dobrzyń n/W i Wiegie, od północy z gminą Lipno, a od zachodu z gminą Bobrowniki.
W skład gminy wchodzą sołectwa: Fabianki, Bogucin, Cyprianka, Chełmica Duża, Chełmica Mała, Chełmica Cukrownia, Świątkowizna, Skórzno, Wilczeniec, Fabianki, Nasiegniewo, Kulin, Krępiny, Szpetal Górny, Witoszyn Nowy, Witoszyn Stary, sołectwo Lisek jest oddzielone enklawą, położoną ok. 2 km w linii prostej od granic gminy i otoczone sołectwami gminy Lipno i Bobrowniki.